Po rozpakowaniu emulatora klikamy w ikonę NanoBoyAdvance.exe
Po otwarciu okienka emulatora przechodzimy do polecenia Config/Video/Scale gdzie możemy wybrać jedną z sześciu wielkości okna. Niżej mamy ustawienie na cały ekran poleceniem Convig/Fullscreen
Przechodząc do polecenia Config/Input/Remap możemy ustawić klawisze gry klikając w prostokąt odpowiadający danej funkcji i przypisując interesujący nas klawisz
Podajemy ścieżkę dostępu do gry poleceniem File/Open, zatrzymujemy grę poleceniem File/Pause, wracamy na początek gry poleceniem File/Reset
Po wybraniu ścieżki do gry wyskoczy pytanie o podanie ścieżki dostępu do Biosu GB Advanve po czym zatwierdzamy klikając w Yes, wtedy podajemy ścieżkę dostępu (opis wyżej) do gry
Ścieżkę do bios podajemy również poleceniem Config/System/Set BIOS Path. Czasami gry nie potrzebują Bios dlatego zaznaczamy również Skip BIOS